현행법상 수사기관에는 검사와 사법경찰관리가 있으나, 검사가 수사의 주재자로서 수사에 대한 궁극적인 권한을 갖고 또 그에 대한 책임을 지게 된다. 그리고 검찰권행사에 있어서는 검사동일체의 원칙이 적용되어 검사는 소속 상급자의 지휘감독에 따르도록 되어 있는데 그 가장 상급자의 위치에는 검찰총장이 있다. 수사 등의 검찰권행사의 독립성 보장을 위해서는 이러한 내부적인 상명하복관계도 인정할 필요가 없다고 하여 이 제도의 폐지를 주장하는 견해도 있으나, 검사의 권한행사에 대한 내부적 통제의 필요성 등을 고려하여 현행 검찰청법은 이 제도를 두고 있으면서, 다만 상급자의 지휘감독이 위법하거나 부당하다고 생각되는 경우에는 검사로 하여금 이의를 제기하도록 하고 있을 뿐이다.
사법권 행사의 전제가 되는 검찰권행사의 공정성 확보의 문제는 아무리 강조해도 지나치지 않은 중요성을 가지고 있다.
이제는 과거와 달리 상황이 바뀌어 정치권과 야합하는 정치검사의 이미지에 대한 검찰권내부의 반성과 비판이 강하게 나타나고 있고 또한 국민들로부터의 신뢰회복을 위한 검찰총장을 비롯한 검찰조직내부의 각성이 과거 어느 때보다도 가시화되고 있다. 이런 시점에서 이제까지 적어도 외면적으로는 행사되지 않았던 구체적 사건의 수사에 대한 법무부장관의 지휘감독권의 발동이 문제가 돼, 급기야는 검찰총장이 이를 따르면서 사퇴하는 심각한 결과를 초래하게 된 것이다. 이번 법무부장관의 구체적 사건에 대한 수사지휘권 행사와 관련해서는 다음과 같은 점들을 생각해 볼 수 있다.
첫째로 법무부장관은 검찰사무를 관장하는 법무부의 최고책임자로서 일반적인 지휘감독권을 가지고 있다. 따라서 법무부장관은 이러한 지휘감독권의 행사로서 일반적인 인신구속의 지침을 시달할 수 있고, 인권보장을 위하여 불구속수사의 원칙을 존중하도록 검찰에 지시하는 것이 가능하다. 이제까지의 검찰에서의 구속영장청구의 기준에 문제가 있었다면 이는 비단 강모교수의 사건에 대해서 뿐만 아니라, 일반적인 형사사건에 대해서도 개선되어야 할 문제이기 때문이다. 이와 같이 일반적인 형태로서 수사지휘가 이루어졌다면 강모교수의 사건에 대해서는 설령 원하는 대로의 효과를 얻을 수 없었다 하더라도 법무부장관으로서는 최선의 조치였다는 평가를 들을 수 있지 않았을까 생각된다.
둘째로 이번 사안에 법부부장관이 직접 나서서 불구속지휘를 해야 할 불가피한 사정이 있었는지도 문제이다. 현행법상 구속을 위해서는 피의자에게 상당한 범죄혐의와 함께 도망 또는 증거인멸의 염려가 있어야 한다. 그리고 이에 대한 최종적인 판단은 검사의 영장청구를 전제로 법관이 행하게 되며, 영장발부에 신중을 기하기 위해서 피의자를 직접 심문한 후 영장발부여부를 결정하는 영장실질심사제도도 시행되고 있다. 결국 구속여부의 결정권한은 궁극적으로 법원에 있다는 점에서 볼 때 이번 법무부장관의 조치는 법원의 권한에 대해서도 간접적인 제한을 가한 것으로 볼 수 있다. 이러한 조치의 이면에는 검찰 뿐만 아니라 법원에 대한 불신도 원인으로 작용한 것으로 보이나, 구속여부의 결정기관은 법원이라는 점에서 볼 때 사회적 물의를 일으키면서까지 영장청구에 대한 수사지휘권을 발동할 필요가 있었을까하는 생각을 하게 한다.
셋째로 검찰권 행사의 공정성과 정치적 중립성확보를 위해서는 법무부장관에게 일반적 수사지휘권과 검찰행정사무에 대한 감독권만을 부여하고, 구체적 사건에 대해서는 검찰총장에 대한 지휘감독권도 이를 인정하지 않는 것이 바람직하다고 생각한다. 검사는 법관에 준하여 직무상의 독립성이 보장되어야 하는 준사법기관으로서의 지위에 있기 때문이다. 검찰의 권력화에 대한 통제는 법원이나 여론 그리고 적절한 인사권행사 등에 의해서도 어느 정도 가능하다고 볼 수 있으며, 이를 막기 위해 정치적 통제를 허용하는 것은 보다 큰 위험을 내포하게 될 것이기 때문이다.
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